1986 až 1990 bol v Bratislave mestským odborníkom pre chirurgiu a v r. 1990 bol menovaný do funkcie hlavného chirurga Ministerstva zdravotníctva Slovenskej republiky. Po neľahkom období rokov 1990 - 1991, kedy bol bez udania dôvodu odvolaný zo všetkých svojich dovtedajších funkcií, sa po úspešnom konkurze stal primárom chirurgického oddelenia Nemocnice s poliklinikou v Rožňave. I tu vykonával svoju prácu s plným nasadením a všetky svoje vedomosti a skúsenosti odovzdával pri výučbe mladých chirurgov. Jeho nesporné odborné kvality i riadiace schopnosti mu onedlho umožnili, už ako riaditeľovi, dobudovať, vyprofilovať poskytovanú odbornú zdravotnú starostlivosť a v roku 1993 slávnostne otvoriť NsP sv. Barbory.
Jeho návrat do Bratislavy bol spojený s veľkou výzvou – dobudovať nemocnicu v Petržalke, ktorá bola vo výstavbe už od mája 1986. Úspešne absolvovaný konkurz v r. 1995 ho priviedol na post 10. riaditeľa tejto nemocnice. Všetku svoju energiu, schopnosti a získané skúsenosti venoval do ukončenia výstavby a plnohodnotného sprevádzkovania tohto nemocničného zariadenia. Už v roku 1997 tak mohla Nemocnica s poliklinikou sv. Cyrila a Metoda poskytovať zdravotnú starostlivosť. Svoju víziu o ďalšom rozvoji a skvalitňovaní služieb nemocnice však už neuskutočnil. Pre nesúhlas s realizáciou návrhu centralizovaného vedenia všetkých bratislavských nemocníc sa rozhodol, v duchu svojej zásadovosti, v r. 2004 odstúpiť z postu riaditeľa.
Odchodom z postu riaditeľa sa však doc. MUDr. Ján Paškan, CSc. naďalej aktívne venoval organizácii zdravotníctva. Ako prednosta Ústavu sociálneho lekárstva a organizácie zdravotníctva LF SZU odovzdával nadobudnuté vedomosti a poznatky študentom špecializačného štúdia.
Nesporným potvrdením významu osobnosti pána docenta je aj to, že bol zvolený do funkcie prvého viceprezidenta Slovenskej spoločnosti sociálneho lekárstva.
V doc. MUDr. Jánovi Paškanovi, CSc. strácame výnimočnú medicínsku, manažérsku a pedagogickú osobnosť.
Česť jeho pamiatke!
Dr.h.c. prof. PhDr. Dana Farkašová, CSc.
rektor SZU
(zdroj:szu.sk)